Андрей Деникин родился 24 октября 1974 года в городе Новочебоксарск.
В 1991 году окончил среднюю школу №5 и музыкальную школу по валторна города Надым Тюменской области и поступил на физико-математический факультет Чувашского государственного университет им. И.Н.Ульянова.
На 3 курсе обучался на кафедре теоретической физики под руководством профессора В.И. Загребаева, который уже тогда сотрудничал с Объединенным институтом ядерных исследований в Дубне.
После окончания с отличием университета в 1996 году, сразу же поступил в аспирантуру ЧГУ и поехал виесте с Загребаевым В.И. на длительную стажировку в этот институт.
Автор более 80 научных публикаций в области теоретической ядерной физики. В область научных интересов входят квантовая и квазиклассическая теория рассеяния, прямые ядерные реакции с участием легких экзотических ядер, численные методы, вычислительная физика, компьютерное моделирование физических процессов.
Будучи доцентом кафедры ядерной физики, вел занятия по общей физике, квантовой теории рассеяния, численному решению уравнений математической физики, компьютерное моделирование физических процессов и др.
Является сотрудником Лаборатории ядерных реакций им. Г.Н. Флерова ОИЯИ и возглавляет группу теоретической и вычислительной физики. Принимает участие в создании и разработке базы знаний по низкоэнергетической ядерной физике NRV.
В настоящее время — ректор Государственного университета «Дубна».
